Да и вообще: как предполагается писать сроки действия ключей сертификатов прямо в законе? А если через 10 лет этот алгоритм будут взламывать на 1 минуту, а в законе будет записано 1 год? А что если появится другой алгоритм и его стойкость будет 10 лет? Они там что, законы будут менять раз в квартал?

Нет, никаких законов и подзаконных актов тут быть не может. Только экспертные мнения и рекомендации "производителей" алгоритмов.
Хотя на мой взгляд ФСБ и могло бы снабжать простых граждан информации о текущей стойкости алгоритма ГОСТ, но, возможно, это информация даже немного влияет на национальную безопасность (ну если уж очень параноидально подходить к этому вопросу).

Фактически требования к действительности сертификата это требования к необходимости наличия и проверки так называемых критических расширений сертификата. "Private Key Usage Period" - расширение не критическое и фактически признанное "deprecated" в RFC5280. Так что формально проверять или нет это расширение - отдано на откуп конечным программным средствам.

А что коллеги скажут по поводу пунтка 4 статьи 11 63-ФЗ:
"4) квалифицированная электронная подпись используется с учетом ограничений, содержащихся в квалифицированном сертификате лица, подписывающего электронный документ (если такие ограничения установлены)."
Можно ли срок действия ключа выдать за эти ограничения?

Да, я считаю что можно.