Проблема может быть в том, что нельзя создавать два контейнера с одинаковым именем.

Попробуйте назвать копию как-нибудь иначе, например:

csptest -keycopy -src cont '\\.\FLASH\qwerty' -d cont '\\.\HDIMAGE\qwerty1'

Обычно ключи создаются вместе с запросом на сертификат. Если Вам требуется создать ключи и запрос на сертификат, воспользуйтесь утилитой cryptcp(документация на неё входит в состав документации на CSP, см. раздел "Работа с запросами на сертификат").

Если требуется просто сделать новые ключи, можно воспользоваться утилитой csptest. Она находится в директории /opt/cprocsp/bin/<архитектура>.

Создание контейнера пользователя:
csptest -keyset -newkeyset -cont '\\.\имя считывателя\имя контейнера'

Создание контейнера компьютера:

Открыть(проверить) контейнер можно утилитой csptest. Она находится в директории /opt/cprocsp/bin/<архитектура> :

Открыть(проверить) контейнер пользователя:
csptest -keyset -check -cont '\\.\имя считывателя\имя контейнера'

Открыть(проверить) контейнер компьютера:
csptest -keyset -check -cont '\\.\имя считывателя\имя контейнера' -machinekeyset

где имя считывателя:
HDIMAGE, если используете жесткий диск для хранения ключей
FLASH, если используете флешку
FAT12_0, если используете дискету

Список контейнеров с закрытыми ключами можно посмотреть утилитой csptest. Она находится в директории /opt/cprocsp/bin/<архитектура>

Перечисление контейнеров пользователя:
csptest -keyset -enum_cont -verifycontext -fqcn

Перечисление контейнеров компьютера:
csptest -keyset -enum_cont -verifycontext -fqcn -machinekeys

В полученном списке имена контейнеров будут представлены в том виде, в котором их воспринимают все бинарные утилиты, входящие в дистрибутив CSP (\\.\<имя считывателя>\<имя контейнера>).

Основной утилитой для работы с сертификатами является certmgr (лежит в /opt/cprocsp/bin/<архитектура>). К ней есть man:
man 8 certmgr

Установка корневого сертификата:
certmgr -inst -store root -file <путь к файлу с сертификатом>

Установка личного сертификата:
certmgr -inst -file <путь к файлу с сертификатом> -cont <имя контейнера>

Установка стороннего сертификата:
certmgr -inst -file <путь к файлу с сертификатом>

Скопируйте ключи(директорию с именем в формате 8.3) из корня дискеты или флешки в директорию /var/opt/cprocsp/keys/имя_пользователя

При этом необходимо проследить чтобы:
- владельцем файлов был пользователь, в диретории с именем которого расположен контейнер(от его имени будет осуществляться работа с ключами);
- чтобы на директорию с ключами были выставлены права, разрешаюшие владельцу всё, остальным ничего;
- чтобы на файлы были выставлены права, разершающие владельцу по крайней мере чтение и запись, остальным ничего.

Ключевые контейнеры – это способ хранения закрытых ключей, реализованный в нашем продукте. Их физическое представление зависит от типа ключевого носителя (на флешке, дискете, жестком диске это директория в которой хранится набор файлов с ключевой информацией; в случае со смарт-картами – файлы в защищенной памяти смарт-карты, в случае с реестром – раздел реестра, содержащий некоторые параметры). Пароль на контейнер имеет разное значение для смарт-карт и для носителей, не являющихся смарт-картами.