Да, вы можете это сделать "( в этом то и есть вся прелесть 2.0)". Запрета нет.

Но если вы захотите "Квалифицированный" аккредитовать, то это будет нарушение, аккредитованный должен быть отдельно от неаккредитованного.
Но технически работать будет. В конечном счете – на усмотрение эксплуатирующей УЦ организации (т.е. готова она слегка нарушить требования и сэкономить на серверах, или нет).

Разве это нарушение? На разных ЦС используются разные сертификаты ЦС, запрет касается выпуска неквалифицированных сертификатов

2.1. Аккредитованный удостоверяющий центр для подписания от своего имени квалифицированных сертификатов обязан использовать квалифицированную электронную подпись, основанную на квалифицированном сертификате, выданном ему головным удостоверяющим центром, функции которого осуществляет уполномоченный федеральный орган. Аккредитованному удостоверяющему центру запрещается использовать квалифицированную электронную подпись, основанную на квалифицированном сертификате, выданном ему головным удостоверяющим центром, функции которого осуществляет уполномоченный федеральный орган, для подписания сертификатов, не являющихся квалифицированными сертификатами.

На версии 1.5 это реализовать нельзя, а на 2.0 - можно.

Сэкономить конечно хотелось,не столько на серверах, а скорее на лицензии на 2й ПАК.
Желания нарушать конечно нет, но и осознания наличия таких требований тоже нет.
А у Вас оно откуда " аккредитованный должен быть отдельно от неаккредитованного " ? и что понимать под "отдельностью"?

Ключевое слово: ПАК.

Обсуждалось, но 3 года назад. Аббревиатура ПАК использовалась потому что на момент обсуждения она была эквивалентом аббревиатуре ЦС (1 ПАК - 1 ЦС). Плюс 63-ФЗ не уточнял возможность-запрет выпуска неквал. сертификатов аккредитованным УЦ. Шли годы Теперь на 1 ПАК можно сделать несколько ЦС, чтобы НЕ
использовать квалифицированную электронную подпись, основанную на квалифицированном сертификате, выданном ему головным удостоверяющим центром, функции которого осуществляет уполномоченный федеральный орган, для подписания сертификатов, не являющихся квалифицированными сертификатами.
В формуляре на УЦ 2.0 есть одна только фраза касающаяся выпуска квал. сертификатов:
2.10. Для обеспечения выполнения «Требований к форме квалифицированного сертификата ключа проверки электронной подписи» ПАК «КриптоПро УЦ 2.0» должен быть настроен в соответствии с документом [ЖТЯИ.00078-01 90 03 «КриптоПро УЦ. Руководство по эксплуатации»]. А в этом документе настройки согласно требованиям Приказ 795 ФСБ касаются только настроек ЦС.