Теоретически можно попробовать в сертификат автора штампа влепить флаг - "но чек" (так же как это делают у издателя OCSP квитков) и всё это прописать в регламентах, что то вроде того, что доверие к непосредственно этим сертификатам осуществляется не через построение действительной цепочки сертификации, а иными организационными мерами. В этом случае "принцип черепахи" (всё своё ношу с собой) должен сработать.
А ещё проще строить систему несколько по другому, опираясь как на тренд на Приказ МКС 221 п.15, взять и сначала на входе в архив выполнить проверку подписи в он-лайн и зафиксировать её в виде ЭД с ЭЦП, а потом уже в архиве проверять только подпись на этой квитанции, целостность архива обеспечить например деревом хэшей. В этом случае у вас вообще снимаются требования к формату подписи, кадес или не кадес, для вашего архива станет всё равно.