Здравствуйте! Ваша проблема очень типична для задач интеграции с ЕСИА, где по регламенту требуется применение СКЗИ класса защиты не ниже КС3.

Но есть важный нюанс: сертификаты соответствия ФСБ, подтверждающие класс КС3, привязаны к среде функционирования криптосредства, и эта среда должна обеспечивать меры, предусмотренные для данного класса защиты (в том числе доверенную загрузку, физическую защиту и пр.).
cryptopro.ru
+1

КриптоПро CSP действительно сертифицирован по классам КС1/КС2/КС3 и может использоваться для задач криптографической защиты информации и ЭЦП.
prp.su

Однако формальная сертификация КриптоПро CSP класса КС3 на виртуальной машине не предусмотрена — виртуальные среды не соответствуют требованиям сертификации по доверенной загрузке и аппаратной изоляции, которые присутствуют в классах защиты выше КС2.
cryptopro.ru

Это означает, что либо потребуется физический сервер/рабочая станция, на котором будет развернута ОС и СКЗИ с соблюдением всех мер по КС3, либо архитектурно выносить криптографическую часть на отдельный выделенный узел. Чаще всего на практике делают так:

Выделенный физический сервер с установленным КриптоПро CSP 5.0 R2 (или соответствующим вариантом, сертифицированным под КС3) и ОС, которая поддерживает необходимые меры защиты (например, Astra Linux Special Edition).
cryptopro.ru

Этот сервер действует как криптографический узел, обеспечивая операции подписи/шифрования и взаимодействуя с вашей виртуальной инфраструктурой через защищённый интерфейс.

При этом важно учитывать, что требования КС3 включают не только само СКЗИ, но и сопутствующие меры физической защиты, организационные меры контроля доступа и пр. — поэтому вопрос архитектуры и оценки воздействия нужно решать вместе с экспертизой по безопасности и/или ФСТЭК/ФСБ, если система критична.