Добрый день. Уточните, в каком CA хотите получить сертификат. Процедура немного отличается в зависимости доменный этот CA или CA вне домена или аккредитованный УЦ, находится ли сервер в домене и т.д. и т.п.

В самом простом случае, когда CA доменный и сервер в домене - просто заходите в остнастку сертификаты и создаете запрос на сертификат сервера там (полагаю, что понадобится делать из Сертификптов компьютера, а не сертификатов пользователя). Естественно это подразумевает, что доменный УЦ предварительно имеет настроенный шаблон для сертификатов сервера, в шаблоне разрешен криптопровайдер КриптоПро и на машине с CA также есть КриптоПро. В этом случае, когда CA выдаст сертификат, он будет установлен автоматически в хранилище Личные компьютера и останется только настроить права доступа к ключу для пользователя под которым висит IIS.

Инсталляция сертификата серверной аутентификации на Web-сервере IIS - полагаю найдется где-то на сайте Майкрософт. Либо интересуют еще и особенности для гост?