Дело может быть не только во времени вызове URL сервера времени, но еще и в точности сервера времени. По стандарту положено чтобы отметка времени от сервера была позднее чем время в самой подписи, например, если точность сервера 10 секунд, то в худшем случае придется ждать 9,9 секунд (пока время на сервере не превысит заданный интервал 10 секунд от времени в подписи). В этом случае в протоколе найдется запись, что предварительная проверка проведена успешна, ждем 9 секунд до сбора доказательств. Еще может накладываться время пока сервер времени проверяет списки отзыва (быстрее работает если сертификат выдан тем же УЦ, к которому принадлежит сервер времени) и так далее.

Хотя конечно 40 секунд многовато, проверьте настройку DNS и доступность сервера времени, всех адресов сертификатов УЦ и списков отзыва. После 40 секунд ожидания подпись получается со штампом времени или срабатывает отбой и возвращается подпись без штампа?

Здравствуйте.
Скорее всего, при создании XLT1 есть рассинхронизация времени между службами (TSP и OCSP) - время в OCSP ответе должно быть после времени TSP, поэтому имеется алгоритм для выполнения необходимых задержек. Увидеть их можно, включив логи (JCPLogger'а с уровнем FINE должно хватить).