ТОгда попробую описать как это было.

1. Подпись работала, всё идеально просто.
2. На другом магазине надо было настроить 1С, новую кассу АТОЛ и проч. Взял токен, пошёл туда, за 1,5 суток настроил всё, включая и все, что требуется для работы токена на том компе... Только там Крипто Про было ознакомительное на 3 месяца. Подписал все уведомления, отправил в налоговую, всё хорошо. Унёс токен обратно.
3. Положил токен возле первого компа (где изначально всё и работало). И забыл на 2 недели. Приспичило создать на компе для сотрудника отдельную учётную запись Виндоуз, пришлось сбрасывать полностью настройки Win Tweaker, иначе не давал... Естественно обновления за год скачались, я их применил. Сразу заглючил браузер Оперы, постоянно выкидывало из неё. Но после перезагрузки всё нормализовалось.. а спустя две недели токен стал не читабелен.

Прикол в том, что я купил на след день новый токен и при оформлении новой ЭЦП через сбер вылетела та же самая ошибка и на новый токен.. Т.е. проблема где то в программном обеспечении..