Доброго времени суток! Аналогичная проблема. Выше описанное пробовал не помогло.

Характеристики сервера клиента
ОС: Windows Server Standart 2016
Крипто ПРО:
версия продукта 4.0.9.9963
версия ядра СКЗИ 4.0.9019 КС1.
ЭЦП установлено в реестр. Сертификат установлен для компьютера.

Имеется сервис на WCF, хостится на службе виндовс. Сервис запускается от имени машины.

При вызове метода сервиса, сервис должен подписывает pdf файлы и возвращает их.
Файлы подписываются утилитой cppdfutil.exe.
Запускается утилита из программы таким образом
Process cpPdfUtil = Process.Start(utilFilePath, args);

При попытке подписать файл утилита завершает работу следующей ошибкой:
Документ не подписан: Operation failed. Не удалось получить доступ к контейнеру с закрытым ключом.---[0x80090016]Keyset does not exist

При запуске утилиты из командной строки утилита отрабатывает без проблем.

Во время разработки я тестировал на сервере Windows Server 2012 R2 Standart и там все работало.

И еще момент, у клиента один диск - системный.
Помогите с проблемой. Куда копать?