Ветка реестра с 6 параметрами содержит точно такую же информацию как папка на флешке (по сути это контейнер закрытого ключа просто немного другим углом), поэтому отношение к reg-файлу содержащему представление ветки должно быть такое же как к контейнеру на флешке/токене, "ключевым данным" в терминах законодательства (регистрация в журнале, составление расписок от установке и уничтожении, регистрация носителя, на котором переносится reg-файл, обязательное затирание файла при удалении и т.д.). При соблюдении всех процедур законодательство должно быть соблюдено, форма и формат "ключевых данных" там не расшифрованы. При этом по моему мнению недопустимо копировать ветку на жесткий диск вне профиля пользователя или на сетевые ресурсы, так как в этом случае любой получивший доступ к reg-файлу теоретически сможет воспользоваться закрытым ключом.

Такой способ копирования не предусмотрен формуляром КриптоПро, хотелось бы чтобы сотрудники КриптоПро прокомментировали этот момент. Заминка может быть в том моменте, что копирование ветки реестра может обойти запрет на экспорт ключа (хотя я пока не встречал неэкспортируемых контейнеров в реестре) и дает потенциальную возможность подбора пин-кода.

Мне кажется проще сделать штатное копирование контейнера на флешку с соблюдением всех процедур, чем сначала искать ветку реестра, потом соблюдать все процедуры для reg-файла.