Сам спрошу и сам отвечу. Столкнулся с такой проблемой на WCF сервисе появлялась такая ошибка: Алгоритм вычисляемого ключа "urn:algorithms:ck-p-gostr3411" не поддерживается...
Перепробовал все и переустановить SDK и Криптопро до последней версии ни чего не помогло.

Оказалось что при обновлении на сервере Криптопро до последней версии, перестал поддерживаться сертификат 2001 года. Лично мне помогла установка сертификата 2012 на сервере IIS.

Хотя не понятно с чем связанна данная проблема, вроде еще 2001 сертификат поддерживается, тогда почему возникает ошибка?

Причем лично у меня была еще такая магия: один раз тестовый запуск прошел и без обновления сертификата.