КриптоПро JCP 1.0.54 (версию 2.0.38674 нельзя установить, т.к. она не сертифицирована)
Сертификат корневого УЦ успешно импортирован в %JAVA_HOME%\lib\security\cacerts
При проверке отсоединенной подписи формата CAdES_X_Long_Type_1 в JCP, созданной через Cades plugin выбрасывается исключение:

No CRLs found for issuer "CN=УЦ 1 ИС ГУЦ, ..." <- Это промежуточный центр сертификации, в cacerts не внесён
No CRLs found for issuer ...
Not enough revocation values for the certificate Sn 7a52cffd000300000723,

Подписание и последующая проверка средствами же JCP проходит успешно.

Вложения: корректная ЭП, "некорректная" ЭП, логи.

check_error.log (3kb) загружен 2 раз(а).
cacerts.txt (87kb) загружен 2 раз(а).
java0.log (35kb) загружен 2 раз(а).
file.xml (74kb) загружен 2 раз(а).
sign_correct.bin.txt (33kb) загружен 2 раз(а).
sign_author.bin.txt (38kb) загружен 2 раз(а).