Не уверен, что в эту ветку, но обнаружилась эта проблема при тестировании нового плагина.
Берем условный код

var oStore = yield cadesplugin.CreateObjectAsync("CAPICOM.store");
yield oStore.Open();
var certs = yield oStore.Certificates; /* здесь */
var certCnt = yield certs.Count;

если нет ни одного сертификата при получении списка происходит исключение
Cannot find object or property при получении списка
то есть объект certs не возвращается.
В версии NPAPI на Firefox поведение аналогично.

Но в Explorer, при использовании объекта ActiveXObject("CAPICOM.store"),
который является прототипом для функции вашего плагина,
в аналогичном коде объект списка возвращается, а вот его свойство Count равно нулю.
И это поведение представляется логичным, поскольку пустой список
это не то же самое, что его отсутствие или ошибка доступа к списку.

Во вложении. nmcades.exe.7084.zip (11kb) загружен 5 раз(а).

Пока непонятно. Пришлите, пожалуйста, дамп вместе с логом JS-консоли от background page. Для сбора этого лога на странице chrome://extensions/ включите "Режим разработчика", и для нашего расширения нажмите "фоновая страница".

Disconnect Event: Error when communicating with the native messaging host. tabid a3b65a99-f0c8-3edc-6cc6-f25f3cbe5052