Согласно
http://cpdn.cryptopro.ru..._SignData_2_a50a8ed6.htm

реализуется алгоритм подписи Гост 34.10 (в комментариях к примеру на C# указан ГОСТ 34.10-2001),
согласно

http://cpdn.cryptopro.ru...stSignatureFormatter.htm
реализуется подпись по ГОСТ 34.10-2001

согласно http://cpdn.cryptopro.ru..._SignHash_1_a3d79294.htm
подписывается по ГОСТ 34.10-2001

Ниже код, который формирует 3 разных подписи!! Все из них из cpdn.
byte[] dataToEncrypt = new UnicodeEncoding().GetBytes("qwertyuiopasdfghjklzxcvbnm");
byte[] encryptedData;

var gost = new Gost3410CryptoServiceProvider();
var hashAlg = new Gost3411CryptoServiceProvider();

var hashData = hashAlg.ComputeHash(dataToEncrypt);

//=================================================================================

encryptedData = gost.SignHash(hashData);
textBox1.Text = Convert.ToBase64String(encryptedData);

//=================================================================================

encryptedData = gost.SignData(dataToEncrypt, hashAlg);
textBox2.Text = Convert.ToBase64String(encryptedData);

//=================================================================================

GostSignatureFormatter sign = new GostSignatureFormatter(gost);
encryptedData = sign.CreateSignature(hashData);
textBox3.Text = Convert.ToBase64String(encryptedData);

Таким образом, приведенный код генрирует 3 разные подписи с помощью трех примеров из cpdn


Все же какой из методов правильный и формирует верную ЭЦП по ГОСТ?

Ну а Convert.ToBase64String(encryptedData) разве не конвертирует в base64 encryptedData. И каждый раз по-разному.
Чем отличаются функции? В cpdn ничего про это не прописано.

Хеширование и подпись (случайное число) - разные вещи.
При хешировании - может быть разный порядок байтов.
http://cpdn.cryptopro.ru...984ebeb224da0922318.html