Добрый день!

У меня аналогичная проблема, код работает на одной машине, на другой не хочет, хотя раньше и там работал. Ошибка Keyset does not exist, контейнер лежит в реестре права на ветку есть, версия КриптоПро .NET 1.0.4702.0

у меня аналогичная проблема с сервисом.
Сгенерировал и поставил тестовый сертификат через https://www.cryptopro.ru/certsrv/certrqma.asp
Тип: Сертификат проверки подлинности ключа, параметры по умолчанию

На сервере MS Server 2008, если запускаю свой сервис под Visual Studio 2010 через Development Server (под своей учеткой)
в строке
signedXml.SigningKey = cert.PrivateKey;
все нормально, приватный ключ присутствует, подпись вычисляется.

Если же запускаю свой сервис от Local IIS (пул DefaultAppPool от имени LocalSystem)
выбрасывается exception
'cert.PrivateKey' threw an exception of type 'System.Security.Cryptography.CryptographicException'

То есть, я так понимаю, приватный ключ отдается только тому пользователю, от которого он проинсталлен.
права для Everyone Full Control не помогли.

Может, тестовые ключи имеют какие-то ограничения?