Ситуация: на АРМ пользователя установлено КриптоПро 4.0 с бессрочной лицензией, выданой УЦ ФК. Затем эта организация проходит процедуру ликвидации (еще не ликвидирована), и на её базе создается новое юрлицо. В УЦ ФК получают новую лицензию на КриптоПро 4.0 уже на новое юрлицо. Вопрос: как правильно ввести новую лицензию на этом АРМ? Просто забить номер лицензии в КриптоПро, или провести движение по Журналу поэкземплярного учета СКЗИ актом уничтожения СКЗИ, сдать в УЦ ФК лицензию на старую орг-цию, затем деинсталировать КриптоПро, прогнать утилиту cspcleaner, затем установить заново КриптоПро и уже ввести новую лицензию?

По идее, у Вас новая организация и новый журнал поэкземплярного учета, куда вы и заносите полученный дистрибутив и лицензию. Затем акт установки СКЗИ.