Автор: Андрей * 
Здравствуйте.
c#?
Полностью код\проект, который воспроизодит проблему? 
.. 
 Visual Basic
Вроде бы ничего необычного, переделывал проект под библиотеку CAdESCOM по примерам с этого сайта.
' Пример подписи и проверки подписи всего xml документа.
Imports System
Imports System.Security.Cryptography
Imports System.Security.Cryptography.Xml
Imports System.Security.Cryptography.X509Certificates
Imports System.Text
Imports System.Xml
Module Module1
    Const CAPICOM_CURRENT_USER_STORE = 2
    Const CAPICOM_MY_STORE = "My"
    Const CAPICOM_STORE_OPEN_MAXIMUM_ALLOWED = 2
    Const CAPICOM_CERTIFICATE_FIND_SUBJECT_NAME = 1
    Const CADESCOM_XML_SIGNATURE_TYPE_ENVELOPED = 0
    Const CADESCOM_XML_SIGNATURE_TYPE_ENVELOPING = 1
    Const XmlDsigGost3410UrlObsolete = "http://www.w3.org/2001/04/xmldsig-more#gostr34102001-gostr3411"
    Const XmlDsigGost3411UrlObsolete = "http://www.w3.org/2001/04/xmldsig-more#gostr3411"
    Const XmlDsigGost3410Url = "urn:ietf:params:xml:ns:cpxmlsec:algorithms:gostr34102001-gostr3411"
    Const XmlDsigGost3411Url = "urn:ietf:params:xml:ns:cpxmlsec:algorithms:gostr3411"
    <STAThread()>
    Sub Main(ByVal args As String())
        ' Разбираем аргументы
        If (args.Length < 1) Then
            Console.WriteLine("ConsoleXMLDSigApp2.exe <CertificateSerialNumberWithoutBlanks>")
            Return
        End If
        run(args(0))
        Console.ReadKey()
    End Sub
    Function GetCertificateBySubjectName(certSerialNumber)
        Dim Store = CreateObject("CAdESCOM.Store")
        Store.Open(CAPICOM_CURRENT_USER_STORE, CAPICOM_MY_STORE,
            CAPICOM_STORE_OPEN_MAXIMUM_ALLOWED)
        Dim Cert
        Dim Certificates = Nothing
        For Each Cert In Store.Certificates
            If Cert.SerialNumber = certSerialNumber Then
                Certificates = Cert
                Exit For
            End If
        Next
        If Store.Certificates.Count = 0 Then
            Console.WriteLine("Certificate not found: " + certSerialNumber)
            Exit Function
        End If
        Dim Certificate = Store.Certificates.Item(1)
        Store.Close()
        Return Certificate
    End Function
    Function SignCreate(Certificate, dataToSign)
        ' Создаем объект CAdESCOM.CPSigner
        Dim Signer = CreateObject("CAdESCOM.CPSigner")
        Signer.Certificate = Certificate
        ' Создаем объект CAdESCOM.SignedXML
        Dim SignedXML = CreateObject("CAdESCOM.SignedXML")
        SignedXML.Content = dataToSign
        ' Указываем тип подписи - в данном случае вложенная
        SignedXML.SignatureType = CADESCOM_XML_SIGNATURE_TYPE_ENVELOPED
        ' Указываем алгоритм подписи
        SignedXML.SignatureMethod = XmlDsigGost3410Url
        ' Указываем алгоритм хэширования
        SignedXML.DigestMethod = XmlDsigGost3411Url
        Dim SignedMessage As String = ""
        Try
            SignedMessage = SignedXML.Sign(Signer)
        Catch ex As Exception
            Console.WriteLine("Failed to create signature. Error: " + ex.Message)
            Exit Function
        End Try
        Return SignedMessage
    End Function
    Function Verify(SignedMessage)
        ' Создаем объект CAdESCOM.SignedXML
        Dim SignedXML = CreateObject("CAdESCOM.SignedXML")
        Try
            SignedXML.Verify(SignedMessage)
        Catch ex As Exception
            Console.WriteLine("Failed to verify signature. Error: " + ex.Message)
            Return False
        End Try
        Return True
    End Function
    Function run(CertName As String)
        If ("" = CertName) Then
            Console.WriteLine("Введите имя сертификата (CN).")
            Exit Function
        End If
        ' Ищем сертификат для подписи
        Dim Certificate = GetCertificateBySubjectName(CertName)
        Dim Content As String = SourceDocument
        Dim signedMessage = SignCreate(Certificate, Content)
        Console.WriteLine(signedMessage)
        Dim verifyResult = Verify(signedMessage)
        If (verifyResult) Then
            Console.WriteLine("Signature verified")
        End If
    End Function
    ' Тестовый документ для подписи / проверки.
    Dim SourceDocument As String = "" &
    "<ЭДПФР xmlns = ""http://пф.рф/СЗВ-ТД/2020-09-26"" xmlns:АФ5=""http://пф.рф/АФ/2018-12-07"" xmlns:УТ2=""http://пф.рф/УТ/2017-08-21"">" &
    "   <СЗВ-ТД>" &
    "       <Работодатель>" &
    "           <УТ2:РегНомер>099-099-154154</УТ2:РегНомер>" &
    "           <НаименованиеОрганизации>_тест_Демо организация 1</НаименованиеОрганизации>" &
    "           <УТ2:ИНН>9676756170</УТ2:ИНН>" &
    "           <УТ2:КПП>999901001</УТ2:КПП>" &
    "       </Работодатель>" &
    "       <ЗЛ>" &
    "           <УТ2:ФИО>" &
    "               <УТ2:Фамилия>Иванов</УТ2:Фамилия>" &
    "               <УТ2:Имя>Иван</УТ2:Имя>" &
    "               <УТ2:Отчество>Иванович</УТ2:Отчество>" &
    "           </УТ2:ФИО>" &
    "           <ДатаРождения>1990-01-01</ДатаРождения>" &
    "           <УТ2:СНИЛС>175-577-998 44</УТ2:СНИЛС>" &
    "           <ТрудоваяДеятельность>" &
    "              <Мероприятие>" &
    "                   <UUID>cdb7cac6-31e1-4d3d-bb84-6a70be6bccc6</UUID>" &
    "                   <Дата>2021-08-13</Дата>" &
    "                   <Вид>1</Вид>" &
    "                   <Сведения>Прием на работу</Сведения>" &
    "                   <Должность>Сотрудник</Должность>" &
    "                   <ВидПР>Страховые агенты</ВидПР>" &
    "                   <КодВФпоОКЗ>3321.8</КодВФпоОКЗ>" &
    "                   <Основание>" &
    "                       <Наименование>Приказ</Наименование>" &
    "                       <Дата>2021-08-13</Дата>" &
    "                       <Номер>102</Номер>" &
    "                       <Серия>102</Серия>" &
    "                   </Основание>" &
    "               </Мероприятие>" &
    "           </ТрудоваяДеятельность>" &
    "       </ЗЛ>" &
    "       <ДатаЗаполнения>2021-08-16</ДатаЗаполнения>" &
    "       <Руководитель>" &
    "           <УТ2:ФИО>" &
    "               <УТ2:Фамилия>Евсеев</УТ2:Фамилия>" &
    "               <УТ2:Имя>Юстин</УТ2:Имя>" &
    "               <УТ2:Отчество>Тестович</УТ2:Отчество>" &
    "           </УТ2:ФИО>" &
    "           <УТ2:Должность>бухгалтер</УТ2:Должность>" &
    "       </Руководитель>" &
    "   </СЗВ-ТД>" &
    "   <СлужебнаяИнформация>" &
    "       <АФ5:GUID>cea9cb8b-9080-4d14-8ab2-7540cbcc1a6d</АФ5:GUID>" &
    "       <АФ5:ДатаВремя>2021-08-16T15:52:01+03:00</АФ5:ДатаВремя>" &
    "   </СлужебнаяИнформация>" &
    "</ЭДПФР>"
End Module