Простите: я забыл, что на Sailfish мы тоже испортили пути к библиотекам из-за Авроры. У вас всё как бы правильно: /usr/share/cprocsp/lib
А вы можете увидеть целиком итоговую команду ld (armv7hl-meego-linux-gnueabi-ld)?

Проблема всё ещё не решилась. Помогите разобраться, пожалуйста.
Кроме описанной проблемы, появилась ещё одна: не работает команда certmgr. Со старой версией КриптоПро такого не было, а сейчас вылетают следующие ошибки:
[...]# ./certmgr -list
/root found!
/root/.config not found!
Aborted
На всякий случай, проверила, не связана ли эта ошибка с данными на устройстве. Мне подсказали, что нет. Но я сделала дополнительную проверку, и установила КриптоПро предыдущей версии. С ней всё хорошо, команда работает.

Проблему с тем, что были не видны библиотеки lcapi10, lcapi20, lrdrsup удалось исправить, вероятно, благодаря sb2 -t $TARGET -m sdk-install -R zypper in *.rpm.

QMAKE_RPATHDIR += \
/usr/share/cprocsp/lib \
/srv/mer/targets/$$(MER_SSH_TARGET_NAME)/lib \
/srv/mer/targets/$$(MER_SSH_TARGET_NAME)/usr/lib

LIBS += \
-L/usr/share/cprocsp/lib -lssp -lcapi10 -lcapi20 -lrdrsup

INCLUDEPATH += \
/usr/share/cprocsp/include

Теперь я могу запустить проект, но среда спрашивает у меня игнорировать или нет порядка 900 ошибок вида \usr\share\cprocsp\lib\libssp.so:-1: error: invalid string offset 2428 >= 573 for section `.strtab' с разными числовыми значениями. То же самое для библиотек libcapi10, libcapi20, librdrsup, libcpext.

Проверила папку $HOME/.config. Она есть. Попробовала запустить команду оттуда, результат остался прежним.

Если ввести команду без root:
[...]$ ls -las /root/.config
ls: cannot access /root/.config: Permission denied

Если с root:
[root]# ls -las /root/.config
ls: cannot access /root/.config: No such file or directory

За ссылку спасибо, буду изучать. Но, если вкратце, получается проблема не может быть связана с самим КриптоПро?

Папки /root/.config нет. $HOME/.config есть.