Здравствуйте.
Суть проблемы. Есть WCF клиент, который подписывает сообщения и отправляет их через СМЭВ.
Если запускать его, запустив ручками exe файл, выбрать нужный сертификат, подписывание и отправка данных проходит без каких либо ошибок.
А если этот же самый exe запустить через вебсервис, то в момент вызова метода WCF клиента происходит такая ошибка.
У вебсервиса пул настроен на запуск через LocalSystem.

Можно чуть подробнее? Сертификаты устанавливаю не я, это делают местные админы в далеком регионе.
По их словам, они установили сертификат как для локальной машины, так и для пользователя, т.е. один и тот же сертификат они установили сразу в двух местах.
Может быть нужны какие то дополнительные настройки при установке сертификата для локальной машины, что бы они были доступны для приложения, которое запускается под LocalSystem?
Сам сертификат виден, приложение его выбирает.
Честно говроря, сталкиваюсь с этим впервые.

Да, для вебсервиса создан отдельный apppool, который запускается из под LocalSystem.

Необходимо скопировать контейнер (не сертификат) в хранилище компьютера, после этого - установить сертификат из этого контейнера в хранилище локального компьютера.

Инструкция
2.5.1.2. Копирование контейнера закрытого ключа
2.5.2.2. Установка личного сертификата, хранящегося в контейнере закрытого ключа



p.s.
контейнер должен быть без пароля или с запомненным паролем
иначе - возникнет диалог ввода пароля, который никто не увидит.