Здравствуйте!

У меня есть открытый ключ сертификата и мне надо с его помощью зашифровать некоторый файл так, чтобы заказчик смог со своим закрытым ключом этот файл расшифровать через КриптоАрм
Как это реализовать на C# ?

Пока я поняла только то, что надо получать сертификат и брать его PublicKey.Key, а вот что с ним дальше делать - непонятно.
Пробовала запускать примеры из SDK - Полученные файлы КриптоАрмом не расшифровываются.

Давайте внесем ясность в терминологию.
"У меня есть открытый ключ сертификата"
Правильнее сказать: - У меня есть публичный сертификат получателя, без закрытого ключа
сертификат находится в файле "Вася.cer" или установлен в хранилище "СтарыеДрузья", хотя обычно
сертификаты получателей помещают в хранилище "Другие пользователи"

"и мне надо с его помощью зашифровать некоторый файл"
А какие проблемы? Как вы желаете это делать?
Если не хотите использовать КриптоПро.Net, то вам в ветку "Встраивание",
Всякие [DllImport... и тд. Там можно понять как такое делается.

А если использовать КриптоПро.Net, то:
"Пробовала запускать примеры из SDK" - а из какого?
Есть криптопро.net SDK и там есть пример "EnvelopedSingleRecipient.cs"
Или аналогичный для VB.net

Это то что вам нужно.
Замечательные комментарии и не смотрите что там шифруется строка.
У вас будет byte[] msgBytes = File.ReadAllByte(FilePath);
Далее берем сертификат получателя. Импорт из файла, поиск в хранилище....
И все.
byte[] encodedEnvelopedCms = EncryptMsg(msgBytes, recipientCert);
Ну а записать массив байт в файл наверное не трудно.
Только постройте имя файла как исходное имя с расширением + ".enc"
Тогда КриптоАрм после расшифровки получит исходный файл.

Ну где-то так....