Если клиентской аутентификации на этих сайтах нет, то можно снять все галки, кроме CPROcacerts (корневые сертифиаты) и CPROcurl (библиотека для скачивания CRL-ей при проверке цепочек). Но без GUI в случае чего будет неудобно, так что CPROrdg и CPROcptools лучше поставить. Но обычно после подключения по ГОСТ TLS на этих сайтах надо аутентифицироваться по подписи через наш браузерный плагин, например в ФНС. В этом случае дополнительно потребуются галки "КриптоПро ЭЦП SDK", "КриптоПро ЭЦП Browser plug-in" и галки про те токены, на которых ваши ключи, чаще всего это CPROrdp (подсистема взаимодействия с токенами и смарт-картами через PC/SC) и, например CPROrutoken (модуль поддержки Рутокенов).