Разумеется, такую подпись сделать можно. Запустить "Инструменты КриптоПро", перейти в раздел "Создание подписи", в нижнем левом углу нажать "Показать расширенные", в нижней части поставить галочку "Создать отсоединенную подпись", выбрать файл на подписание, затем нажать "Сохранить подпись как", ввести название вашего файла с исходным расширением и добавить в конце .sig, подтвердить действие, после этого нажимаете "Подписать". Полученный файл подписи должен весить не более 10 КБайт.