Добрый день.
04 40 это ASN структура "обертка" в которой лежит 64 байта собственно ключа. В случае более длинного ключа 128 байт эта обертка может выглядеть как 04 81 80.
Не видя программу сложно сказать точно, но попробую предположить "скользкие" места.

1. Если ключ делится пополам, то скорее всего 04 40 надо убрать до деления пополам. Если у Вас в процессе обработки 04 40 уже отброшены перед делением, то наверно уже все нормально.
2. Параметры кривой в сертификате напрямую не указаны, но есть оиды наборов параметров (при просмотре сертификата стандартным средство виндоуз как на первом скриншоте их не видно, так как они необязательные и разные в разных алгоритмах. Однако они есть между видимым алгоритмом открытого ключа и видимым значением ключа, при генерации ключа в КриптоПро. При генерации в Континенте, например, оидов параметров нет). Если хотите точно убедиться в параметрах, то нужно также распарсить оиды и посмотреть сами значения из наборов параметров по оиду (смотреть в стандартах гост). Ну и сам оид алгоритма открытого ключа наверно тоже понадобится.
3. Подпись может быть разная, например, могли быть подписаны не сами данные, а их атрибуты внутри подписи (в числе подписанных атрибутов может быть хэш от самих данных). Если такую подпись пытаться проверить по самим данным, то значения конечно не сойдутся и нужно использовать более сложный алгоритм проверки - сначала проверить подпись атрибутов, потом совпадение хэша данных со значением в атрибуте.
4. Открывая двоичный файл (как подпись на третьем снимке) в текстовом редакторе ее можно повредить, случайным нажатием сохранить или автосохранением, так как текстовые редакторы обычно меняют переводы строк (символы с кодами 10 13) автоматически, а в двоичном файле их менять не нужно. Рекомендуется открывать такие файлы даже на просмотр в редакторах двоичных данных, самый распространенный Far manager.