Что касается инструкций - в принципе инструкции по настройке рабочего места с сайта госкупки должно быть достаточно - там освещено и как настроить зону доверенных узлов и как добавить госзакупки в нее и как настроить список узлов, которым плагин доверяет без вывода окна подтверждения.


Обратите внимание, что плагин госзакупок от Ростелекома, а не от Криптопро, так что скорее всего для подписания документов нужно еще и установить плагин от КриптоПро (актуальная версия 2.0.12643, версия 1.5 не будет работать с 4.0 и сертификатами гост-2012). Для десятки рекомендуется использовать последнюю сертифицированную версию КриптоПро 4.0.9963.


Насчет двух сертификатов (Вы не указали какие установили) - этого скорее всего недостаточно.

Итого: 2 сертификатов (Минкомсвязи и Казначейства 2018 года) достаточно только если получили сертификат пользователя в Казначействе в этом году. Если же получили в Казначействе ранее или получили в другом удостоверяющем центре, то могут понадобится несколько сертификатов. Кроме того, имеет значение установили конкретный сертификат в "Доверенные корневые центры сертификации" или в "Промежуточные центры сертификации", сертификатов УЦ не должно быть в "Личные". Сертификат головного УЦ и сертификат Минкомсвязи ставятся в корневые, остальные как правило в промежуточные.