Задача состоит в том, чтобы не дать воспользоваться закрытым ключем не его хозяином.
Вариант решения - писать ключ на токен по экономическим соображениям заказчика отпадает :)

Существует что-нибудь такое с возможности хранить закрытый ключ?
Можно же создать только в памяти, например, хранилище сертификатов, а потом его выгрузить с заданием пароля доступа. Тогда только тот, кто выгружал хранилище (ввел пароль при экспорте) сможет воспользоваться им (аналог ПИН-кода на токене). Интересует аналог такой возможности только для закрытого ключа.

Простите за сумбур. Спросите для уточнения деталей, если не совсем понятно.