Относительно:
«Согласно пп. 7 п. 2 ст. 17 63-фз квалифицированный сертификат должен содержать информацию об ограничениях использования квалифицированного сертификата.
И в приказе ФСБ (№ 795) тоже указано, что должен.
Возникает вопрос, как это реализовать на УЦ 2.0, там ведь набор шаблонов сертификатов, который не предусматривает такое поле.»

1. Не должен, а может.
2. Приказ ФСБ «О форме квалифицированного сертификата» не устанавливает, куда и в каком виде сведения об ограничениях нужно класть. Так что это сейчас - не нормативно не регламентировано.
3. Часто кладут в расширение Extended Key Usage, и кладут ОИДы. Но такие ограничения будут работать в рамках какой-то конкретной информационной системы, участники которой о таких ограничениях знают.

Относительно:
«Еще в приказе ФСБ (п. 23) указано, что для включения в квалифицированный сертификат иной информации о владельце квалифицированного сертификата, для которой не предусмотрены соответствующие стандартные атрибуты имени, в том числе информации о правомочиях владельца квалифицированного сертификата и сроке их действия, рекомендуется использовать дополнение subjectAlternativeName.
Я так понимаю, что кроме как в subjectAlternativeName некуда пихать эту информацию об ограничениях.»

В SubjAltName сведения об ограничениях применения сертификата класть не нужно, поскольку ограничения применения - это не информация о владельце сертификата.