Добрый день!
Вследствие нехватки места на диске возникла ошибка при использовании продукта CSP 4.0 на Linux.
При любой операции с хранилищами mCA, mRoot пишет:
/opt/cprocsp/bin/amd64/certmgr -list -crl -store mCA
Certmgr 1.0 (c) "CryptoPro", 2007-2010.
program for managing certificates, CRLs and stores

Failed to open store
=============================================================================
Empty CRL list

The requested certificate does not exist.
[ErrorCode: 0x8010002c]

Т.е. даже на просмотр нельзя отрыть из КриптоПро. При этом, сами файлы (физические хранилища) доступны. Их можно удалять, создавать и проч.
Но программа их не видит.
-rw-r--r--. 1 daemon wheel 20717568 Oct 2 05:00 ca.sto
-rw-r--r--. 1 daemon wheel 0 Apr 5 2015 my.sto
-rw-r--r--. 1 daemon wheel 487424 Oct 2 05:00 root.sto

Уже и перезапускали службы, и пытались удалить и проч. - ноль эффекта.
Переустанавливать крайне не хотелось бы.
Готовы заново наполнить данные файлы, но без переустановки всего ПО...

Под root. Невозможно ничего сделать с этими хранилищами - ни сертификат новый установить, ни посмотреть его. Ничего.
Вот вывод попытки простого просмотра данного хранилища.
/opt/cprocsp/bin/amd64/certmgr -list -store mCA
Certmgr 1.0 (c) "CryptoPro", 2007-2010.
program for managing certificates, CRLs and stores

Failed to open store
=============================================================================
Empty certificate list

The requested certificate does not exist.
[ErrorCode: 0x8010002c]


Вот еще пример. Пользователь не важен. Важно то, что система не может открыть хранилище.

/opt/cprocsp/bin/amd64/certmgr -inst -store mCA -cert -f /home/daemon/Certificates/FMS\ RUS/fmsca.cer
Certmgr 1.0 (c) "CryptoPro", 2007-2010.
program for managing certificates, CRLs and stores

Install:
=============================================================================
1-------
Issuer : E=fmsca@fms.gov.ru, OGRN=1047796548986, INN=007701549553, C=RU, L=Москва, STREET="Боярский пер., д. 4", S=77 г. Москва, OU=Отдел технической защиты информации УИТ ФМС России, O=Федеральная миграционная служба, CN=Federal Migration Service CA
Subject : E=fmsca@fms.gov.ru, OGRN=1047796548986, INN=007701549553, C=RU, L=Москва, STREET="Боярский пер., д. 4", S=77 г. Москва, OU=Отдел технической защиты информации УИТ ФМС России, O=Федеральная миграционная служба, CN=Federal Migration Service CA
Serial : 0x7FA0FEB4D190FDB24AADCF4CFF117535
SHA1 Hash : 0x7d667271c00735cd3080219068d7a0ff3d5989a1
SubjKeyID : a7ecbe261c8d139df1b9e844b9110f9681e60705
Signature Algorithm : ГОСТ Р 34.11/34.10-2001
PublicKey Algorithm : ГОСТ Р 34.10-2001 (512 bits)
Not valid before : 17/10/2015 11:59:10 UTC
Not valid after : 17/10/2020 12:06:33 UTC
PrivateKey Link : No
=============================================================================
Failed to open store

Cannot find object or property.
[ErrorCode: 0x80092004]

Решение оказалось "в лоб".
Удалил старые файлы.
И вручную заново просто создавал эти хранилища, добавлением всех сертификатов (более 50) заново.
Вдруг, кому поможет...