Ну учитывая скорость роста количества свифтовых проектов, необходимость в этом, думаю, вырастет очень быстро :)

Может, посоветуете тогда что-нибудь, воркэраунды, бест практисес..?

Прекрасные новости! Спасибо!
В принципе, то же самое подумал, перенести всю работу с контекстами и хранилищами в один модуль.
Но это довольно трудоемко, пока сделал обходной вариант - если CertDuplicateCertificateContext ничего не возвращает, ищу сертификат в хранилище заново.

Коллеги, есть смысл ждать каких-то подвижек в эту сторону?

Потому что приходится переводить все модули, использующие КриптоПро на статику и решать много проблем с дубликатами символов, когда в нескольких модулях есть одинаковые классы, статические переменные и методы.
Если же оставлять как есть, то получается, что работает сразу несколько инстансов КриптоПро, в каждом модуле свой, думаю, что так не очень хорошо делать.
Так же, нельзя использовать КП напрямую из Свифта, но это скорее из-за отсутствия .modulemap файла, а не из-за типа линковки. То есть, приходится писать ObjC обёртки на всё.
А, и самое печальное, из-за особенностей встраивания КриптоПро нельзя использовать в библиотеке без подключения к основному проекту. Например, в расширениях для того, чтобы шифровать пуши или впн по госту. Потому что не проходит проверка целостности. Хотя у вас это как-то сделано в приложении с впн расширением.